Расселена преимущественно в сомоне Тариалан Убсунурского аймака к югу от озера Убсу-Нур. Также заметное количество хотонов проживает в соседствующих с сомоном Тариалан сомоне Наранбулаг и в административном центре Убсунурского аймака городе Улангоме. Считается, что хотонов в места их современного обитания более трёх веков назад поселил джунгарский хан Галдан-Бошогту. По другой версии, хотоны являются потомками смешанного тюркского населения Синьцзяна, захваченного в плен войсками династии Цин в XVII − первой половине XVIII века.
Академик Б.Я. Владимирцов, путешественники и исследователи П.К. Козлов и Б.Б. Барадийн, географ и этнограф Г.Н. Потанин в вопросе происхождения хотонов отдавали предпочтение кара-кыргызскому элементу и отмечали преобладающую роль кыргызов в этногенезе хотонов. Проводивший исследования племени хотонов российский тюрколог первой половины XX века академик А.Н. Самойлович также писал по этому поводу: «... судя только по верованиям хотонов, можно допустить, что в их состав вошли восточнотуркестанские сарты, кара-кыргызы, и, может быть, казак-кыргызы».
При этом учёный на основе лингвистического анализа отдаёт предпочтение в вопросе происхождения хотонов кара-кыргызскому элементу, в качестве доказательства ссылаясь также на приводимую Г.Н. Потаниным хотонскую легенду о происхождении рода сарыбаш (сравните с кыргызским племенем сарыбагыш) от сорока девиц. Эта легенда, по мнению А.Н. Самойловича, имеет несомненно кара-кыргызское происхождение. Аналогичной позиции придерживаются и многие современные учёные.
***
Ряд других источников сближает хотонов с уйгурами. Отмечено, что антропологически хотоны обнаруживают сходство с уйгурами. Хотонский язык, на котором ранее говорили хотоны, считается диалектом уйгурского и включается в состав карлукских языков.
***
У хотонов отмечена очень высокая доля носителей Y-хромосомной гаплогруппы R1a1 − 83%, что является результатом дрейфа генов, объясняющимся эффектом бутылочного горлышка, которое проходила эта популяция, произошедшая от небольшого числа предков-основателей, мигрировавших в регион северо-западной Монголии в XVII веке. Вероятнее всего, «бутылочное горлышко» было пройдено данной популяцией неоднократно.
В 1999 годы вышла публикация монгольских учёных Ц. Цэрэндаш и Ж. Батсуурь, которые исследовали хотонов сомона Тариалан и определили, что наиболее значительный генетический вклад в генофонд хотонов внесли кыргизы, следующим по значимости был вклад узбеков и уйгуров, а генетический вклад казахов был наименьшим.
В свою очередь в 2005 году группа японских, корейских, монгольских и китайских исследователей, которые анализировали ДНК X-хромосомы хотонов и ряда других монгольских народов, пришли к выводу, что хотоны серьёзно отличаются от халха, урянхайцев и захчинов. По мнению авторов, это подтверждает гипотезу о том, что хотоны являются потомками тюркской популяции. При этом хотоны представляют собой генетически смешанную популяцию.
Nomads of the Great steppe